ปรัชญา
“สร้างความตระหนักในการอนุรักษ์และใช้ประโยชน์ความหลากหลายทางชีวภาพสิ่งแวดล้อม และภูมิปัญญาท้องถิ่น โดยประยุกต์ใช้เศรษฐกิจเชิงสร้างสรรค์ เพื่อการพัฒนาในระดับท้องถิ่นและภูมิภาคอาเซียนที่ยั่งยืน ตามแนวพระราชปรัชญาเศรษฐกิจพอเพียง”
  วิสัยทัศน์
“องค์ความรู้ด้านความหลากหลายทางชีวภาพ สิ่งแวดล้อมและภูมิปัญญาท้องถิ่นถูกรวบรวม เพื่อสื่อสารสู่สังคม นำไปสู่ความตระหนักในการอนุรักษ์ การใช้ประโยชน์ และเป็นแหล่งเรียนรู้เพื่อสร้างความเข้มแข็งให้แก่ชุมชนในภูมิภาคอาเซียน ตามแนวพระราชปรัชญาเศรษฐกิจพอเพียง”
พันธกิจ
  1. ดำเนินการสนองพระราชดำริ ตามโครงการอนุรักษ์พันธุกรรมพืชฯ อันเนื่องมาจากพระราชดำริ สมเด็จพระเทพรัตนราชสุดาฯ สยามบรมราชกุมารี
  2. พัฒนาศักยภาพงานวิจัยและงานสร้างสรรค์เพื่อนำไปใช้ประโยชน์ท้องถิ่นและอาเซียน
  3. การบริการวิชาการด้านความหลากหลายทางชีวภาพ วัฒนธรรมและภูมิปัญญาท้องถิ่น
  4. พัฒนาสถาบันความหลากหลายทางชีวภาพฯ ให้เป็นองค์กรแห่งการเรียนรู้ที่มีคุณภาพและธรรมภิบาล
ประเด็นยุทธศาสตร์
  • ยุทธศาสตร์ที่ 1 ดำเนินโครงการอนุรักษ์พันธุกรรมพืชอันเนื่องมาจากพระราชดำริสมเด็จพระเทพรัตนราชสุดาฯ สยามบรมราชกุมารี
  • ยุทธศาสตร์ที่ 2 พัฒนางานวิจัยและงานสร้างสรรค์ที่ตอบสนองต่อการพัฒนาท้องถิ่นและอาเซียน
  • ยุทธศาสตร์ที่ 3 บริการวิชาการความหลากหลายทางชีวภาพ วัฒนธรรมและภูมิปัญญาท้อวถิ่น สำหรับท้องถิ่นและอาเซียน
  • ยุทธศาสตร์ที่ 4 พัฒนาระบบกลไกการบริการของหน่วยงานให้เป็นองค์กรแห่งการเรียนรู้ที่มีคุณภาพแบะธรรมมาภิบาล